Unterhalb des horizontalen Rahmens, der mit Reliefs verziert ist und Szenen aus der Jagd, Drachen, menschliche und tierische Protome zeigt, öffnen sich drei Fenster, eine Triforium in der Mitte und zwei Biforien an den Seiten. Das Triforium wird von marmornen Säulen getragen und ist reich mit pflanzlichen Motiven verziert; die Biforien erheben sich auf gedrehten Säulen, deren Basen aus umgekehrten Kapitellen bestehen.

Unten ist das schöne eingelassene Portal mit Weinranken und kämpfenden Tieren verziert.

Der Innenraum der Kirche, einfach und streng, aber gleichzeitig monumental, besteht aus drei Schiffen, die auf gedrungenen Säulen ruhen. Bemerkenswert ist die halbkuppelförmige Deckung der beiden Seitenschiffe, ein seltenes Motiv in den umbrischen religiösen Gebäuden.

Am Ende des Mittelschiffs erhebt sich der Chorraum deutlich über der Krypta, einer gesammelten und mystischen Halle mit zwei Säulen, die die Kreuzrippengewölbe tragen.

Interessant zu wissen:

Das Dorf Bevagna und die Kirche San Silvestro dienten als Kulisse für den dritten Film über San Francesco von Liliana Cavani.