Il complesso attuale è composto dalla chiesa, dal monastero e dal campanile a vela, eretto sulla muratura della torre.

All'interno della chiesa, a navata unica, si conservano tracce degli impianti preesistenti, in particolare nella cripta, a pianta quadrata con pilastro centrale a rinforzo della volta a crociera, vi sono capitelli scolpiti secondo stilemi antecedenti all'XI secolo.

All'abbazia sono legati molti fatti della vita di San Francesco. Le fonti la ricordano come il luogo in cui Francesco cercò rifugio dopo essere stato aggredito nei pressi di Caprignone; l'accoglienza del priore non fu delle migliori e al Santo furono assegnate mansioni da sguattero. Anni dopo, il priore dell'abbazia tornò a chiedergli perdono: da quel momento in poi, durante i frequenti pellegrinaggi verso La Verna, Francesco riceverà spesso ospitalità proprio a Vallingegno.

Si narra inoltre che nella stalla del monastero il Santo, commosso per la morte di un agnellino ucciso dal morso di una scrofa crudele, avesse lanciato una maledizione all'animale, che morì dopo tre giorni di sofferenze.