La prima cappella di destra, detta della Madonna del Carmine o di Sant’Antonio, apparteneva alla Confraternita del Santissimo Sacramento e della Misericordia. Il quadro rappresenta la Madonna del Carmine con i Santi Antonio da Padova, Vito, Antonio abate e Filippo Neri. L’autore è ignoto, come la data certa della sua esecuzione, ma possiamo collocarlo alla metà del sec. XVII.
Il gruppo della Madonna con Bambino è spostato leggermente sulla sinistra per dare armonia al gruppo di figure. Questa composizione che porta lo sguardo verso l’alto tramite un percorso sinuoso, termina a sinistra con due cherubini e una nuvola che copre lo scenario. 

Nella parte alta della cappella troviamo la statua di San Michele Arcangelo, copia di un’opera di Andrea Sansovino, ed è una delle opere che provengono dalle realtà religiose precedenti a questa chiesa. 
La seconda cappella di destra, oggi detta della Madonna, era in origine l’altare intitolato a San Bernardino da Siena, qui traslato dalla chiesa precedente insieme al beneficio che possedeva.

La prima cappella di sinistra è l’unica gentilizia. Apparteneva alla famiglia Gentiloni, di Todi, e dedicata a Sant’Orsola. È di sicuro la più barocca di tutte: non ha una composizione rigida come le altre, e segue lo sviluppo in altezza della chiesa. 
L’ultima cappella, la seconda a sinistra, era gestita dalla Confraternita del Santissimo Rosario. È l’altare della Madonna del rosario, e il nome le deriva dalla pregevolissima pala d’altare che lo decora, opera matura del più importante pittore del primo Barocco a Todi, Andrea Polinori, raffigurante la Madonna del Rosario e santi, tra i quali si riconoscono San Domenico e Santa Caterina da Siena in primo piano, mentre quelli in secondo piano non sono riconoscibili.