In der Kapelle des linken Kirchenschiffs, die mit barockem Stuck dekoriert ist, finden Sie das hölzerne Kruzifix, vor dem, dem Volksglauben nach, der Frate Pacifico während einer seiner Reisen mit dem Heiligen Franziskus durch das Tal von Rieti die Vision des Paradieses hatte. Die Szene wurde von Giotto in der oberen Basilika des Heiligen Franziskus in Assisi dargestellt.
Das Kruzifix, das man heute sieht, ist in Wirklichkeit auf das 14. Jh. datiert und somit nach dem Tod des Heiligen entstanden; zahlreich sind jedoch die Quellen, die die Besuche des Franziskus in dieser von ihm augrund ihrer entlegenen Lage und somit Eignung für intensive Gebete sehr geschätzten Kirche dokumentieren.
Eine kleine Information zum Ort: der Name Bovara rührt aus der heidnischen Tradition, die mit der Reinigung der Ochsen in den Gewässern von Clitunno vor ihrer Opferung an die Götter verbunden ist.
In der Nähe der Abtei befindet sich der Olivenbaum von Sant´Emiliano, der älteste Baum Umbriens, 9 Meter hoch und 1700 Jahre alt. Laut einer Sage wurde im Jahr 304 der Heilige an diesen Stamm gefesselt und getötet.