Der Bau einer großen Kirche und eines Klosters, die Franziskus gewidmet waren, wurde nur wenige Jahre nach seinem Tod stark von der Stadt Gubbio herbeigesehnt, die ihn aufgenommen und adoptiert hatte.
Das Gebäude weist einen spitz zulaufenden Grundriss auf und ist gekennzeichnet von einer unvollendeten Fassade, die aber ein gut erhaltenes gotisches Portal mit einem Rahmen aus kleinen Hängebögen vorweist, das mit einer kleinen Rosette verziert ist. Die drei Apsiden weisen eine polygonale Form auf, die von einem einbögigen Fenster unterbrochen wird.

Das Innere ist in drei Kirchenschiffe unterteilt, die von 14 hohen Säulen mit achteckiger Basis gestützt werden. Das Kreuzgewölbe der Decke stammt aus dem Umbau des Gebäudes im 18. Jh. Die seitlichen Wände, die einst von Fresken bedeckt waren, haben teilweise ihren Glanz verloren, jedoch finden sich in den Apsiden einige wichtige Werke aus dem 8. bis 15. Jh. wieder.

In der linken Apsis sind  Geschichten aus dem Leben der Jungfrau in 17 Paneelen abgebildet, ein Zyklus von hohem Wert, ausgeführt  von Ottaviano Nelli in den ersten Jahren des 15. Jh.
In der mittleren Apsis sind oben der  Thronende Jesus, auf den Seiten  der Heilige Petrus, der Heilige Paulus, der  Heilige Franziskus und der  Heilige Antonius in Fresken abgebildet. Dieses Werk stammt von einem ortsansässigen Schüler des Meisters des Heiligen Franziskus aus der zweiten Hälfte des 13. Jh.
In der rechten Apsis, neben der sich auch die Reste der antiken Faktorei befinden, sind Fresken aus dem 13. bis 14. Jh. abgebildet: im oberen Bereich zwei Episoden aus dem  Leben des Heiligen Franziskus, im unteren Bereich in der Mitte der  Erlöser und seitlich die  Evangelisten, beide eingerahmt. An den Wänden befinden sich Fresken von  Heiligen