Nel timpano si vede Gesù benedicente tra angeli e serafini, sovrastante l'iscrizione AVGVSTA PERVSIA MCCCCLXI. I tabernacoli superiori hanno le statue dell'Arcangelo Gabriele e di Maria annunciata, mentre quelli inferiori i patroni di Perugia, Sant'Ercolano e San Costanzo. La lunetta mostra l'Ascensione di san Bernardino in una mandorla, tra angeli musicanti e cherubini. Sull'architrave del portale e sotto le due nicchie superiori, cinque storie della vita del santo.  Negli stipiti del portale Sei Virtù francescane e Sei gruppi di angeli musicanti.

L'interno, invece, è a tre campate di volte gotiche costolonate.

Alla parete destra il Gonfalone di San Francesco al prato di Benedetto Bonfigli.

L'altare maggiore è costruito con un sarcofago cristiano (metà del IV secolo), in cui fu sepolto il beato Egidio dalla fine del XIII secolo al 1887. È del tipo a colonne con al centro Cristo in trono, tra la personificazione dell'Ecclesia e Apostoli; il coperchio è decorato da Scene del Vecchio Testamento, in particolare l'Arca di Noè e Giona.

A sinistra si vede la lastra tombale di fra' Angelo, responsabile dell'erezione dell'oratorio; poco lontano, la Deposizione, copia da Raffaello di Orazio Alfani.

Dietro l'altare, due porte immettono nell'oratorio dei Santi Andrea e Bernardino, con splendido soffitto a cassettoni intagliati e decorati (1558). Seggi, stucchi e pitture risalgono al XVIII e XIX secolo, con opere di Gaetano Lapis, Marcello Leopardi, Vincenzo Ferreri.

Nella sagrestia dell'oratorio si trova la Cappella Baldeschi, in cui è custodita la tomba del giureconsulto Bartolo di Sassoferrato, morto nel 1357.

Fonte: AA.VV., Umbria ("Guida rossa"), Touring Club editore