Die dreischiffige Basilikaanlage wird von Säulen mit ionischen Kapitellen aus der späten Kaiserzeit getrennt und hat im zentralen Schiff große Leinwandgemälde mit Episoden des Alten und des Neuen Testaments von Aliense (1592-94), die in eine Freskodekoration eingebettet sind, welche den Raum zwischen den Leinwandgemälden, den Bögen und den Unterbögen bekleidet und auch in den Seitenschiffen weitergeführt wird. Der Hochaltar besteht aus Säulen, Pfeilern, Nischen und einer Kuppel aus seltenen mehrfarbigen Marmoren.
Im rechten Schiff sind Persönlichkeiten dargestellt, die mit der Kirche in Verbindung stehen, wie San Pietro Vincioli (St. Peter Vincioli), San Benedetto (St. Benedikt), Santa Scolastica (die Heilige Scholastika), San Mauro (St. Maurus) und San Gregorio Magno (Gregor der Große).
An der Wand entlang befinden sich auch die San Giuseppe Kapelle, die 1855 von Domenico Bruschi dekoriert wurde, und die Kapelle der Reliquien mit Gitter aus Schmiedeeisen und Stuckarbeiten aus dem 16. Jahrhundert sowie Fresken von Benedetto Bandiera. Auf den Seiten des Eingangs zum Presbyterium befinden sich zwei Gemälde von Gian Domenico Cerrini (Jungfrau, die das Jesuskind stillt und  Hl. Johannes der Täufer). Im Inneren des Presbyteriums befindet sich der mit Intarsien verzierte hölzerne Chor (1525-1535), einer der schönsten Chöre in ganz Italien.
Die im Jahr 1451 erbaute Sakristei enthält Fresken am Gewölbe mit Geschichten aus dem Alten Testament, vielleicht von einem flämischen Meister, und an den Wänden Geschichten des Heiligen Peter und Paul von Vicenzo Danti, einem Künstler mit Michelangelo-Stil, sowie fünf kleine Bilder von Perugino mit Heiligendarstellungen für das Tafelbild der Himmelfahrt, das von den Franzosen beschlagnahmt wurde und sich heute in Lyon befindet.
Das linke Schiff zeigt an den Wänden entlang bemerkenswerte Werke, wie die Pietà, Teil des zergliederten Flügelaltars von San Agostino aus der Kirche von Sant'Agostino von Pietro Perugino. In der Vibi-Kapelle sind die Altardecke aus Marmor mit dem Mino da Fiesole zugeschriebenen Jesusknaben, dem Täufer und dem Heiligen Hieronymus (1453), eine  Verkündigung von Giovan Battista Caporali und eine Heimsuchung von Stefano Ciburri (1530) erwähnenswert. Es folgt die Ranieri Kapelle mit einem Gewölbe, das mit Malereien von Annibale Brugnoli (XIX) dekoriert ist, die sich über einer vorhergehenden Bemalung von Caporali befinden. Die Sacramento Kapelle wiederum hat ein von Francesco Appiani und Pietro Carattoli dekoriertes Gewölbe. Über dem Altar befindet sich eine Abbildung der Madonna del Giglio aus dem XIV. Jahrhundert, die im Zentrum eines Gemäldes dargestellt ist, das den Heiligen Peter und Paul von Jean Baptiste Wicar (XIX. Jahrhundert) darstellt.
An der Rückseite der Fassade befindet sich ein großes Leinwandgemälde aus dem Ende des XVI. Jahrhunderts mit dem Triumph des Benediktinerordens.
Wenn man aus der Kirche hinausgeht und den ersten Kreuzgang durchquert, von dem bereits die Rede war, nimmt man den Korridor, der zum zweiten Kreuzgang führt, welcher auf drei Ebenen angelegt ist und einen Brunnen in der Mitte hat. Noch weiter vorne befindet sich das alte Refektorium mit glasiertem Terrakotta-Waschbecken, das  die Samariterin am Brunnen darstellt, ein Werk aus dem  XV. Jahrhundert, das Benedetto Buglione zugeschrieben wird. Ein dritter Kreuzgang, auch "Kreuzgang der Sterne" genannt, ist das Werk von Galeazzo Alessi.

Kuriosität
Im alten Fischteich der Mönche befindet sich der mittelalterliche Gemüsegarten, der eine interessante symbolische Deutung des einstigen Gartens aufweist. 
Nicht weit davon entfernt befindet sich der botanische Garten, der auch einen alpinen Garten, einen Zen-Garten und einen Teich mit schattenliebenden Pflanzen enthält.  
Heute übt der botanische Garten auch für die verschiedenen Naturwissenschafts- und Umweltinteraktionen eine wichtige didaktische und erzieherische Funktion aus.

Nützliche Informationen und Ratschläge
Die Kirche befindet sich im südlichen Teil der Stadt und ist leicht zu Fuß erreichbar, wenn Sie das eigene Transportmittel auf den Parkplätzen um die Altstadt herum parken.