Altar der Mariä Verkündigung

In einer eleganten, fein gearbeiteten Holzädikula ist das Halbbild der Hauptfigur des wundertätigen Ereignisses, der Verkündigung, zu sehen. Im Hintergrund befindet sich ein Fresko aus dem Jahr 1575 mit dem Heiligen Geist zwischen Engeln und darunter dem heiligen Felicianus und dem seligen Pietro Crisci, das Giovanni Antonio Pandolfi aus Pesaro oder Ercole Ramazzani aus Arcevia zugeschrieben wird. In der Lünette ist der Heilige Vater zwischen Cherubim abgebildet.

Altar des Heiligen Johannes des Täufers

Wurde von Perugino vermutlich um 1508 mit einem Fresko geschmückt, auf dem Die Taufe Christi dargestellt ist, dessen berühmtes Vorbild das Gemälde desselben Malers aus dem Jahr 1480 in der Sixtinischen Kapelle in Rom ist. Das Thema des Werks, das ebenso beliebt wie das der Geburt Christi ist, bezieht sich auf die Taufe Christi von Perugia (Teil des Polyptychons von St. Augustinus in der Nationalgalerie Umbriens) und auf die Taufe von Città della Pieve (im Dom der Heiligen Gervasius und Protasius). Die Komposition ist ein typisches Spätwerk Peruginos: Die beiden Engel im Flug, umgeben von Cherubim, die man in fast allen Fresken des Malers wiederfindet, lassen die Taube des Heiligen Geistes in der Mitte durchfliegen. An den Ufern des Flusses heben vier weitere, zwei betende und zwei kniende Engel, den Kern der Komposition, und zwar Christus und Johannes, hervor. Der zweite trägt einen Strauchgürtel um die Taille und einen violetten Mantel und gießt mit einem kleinen Gefäß Wasser über den ersten, der betet. Die beiden Figuren in der Mitte, die alles andere als starke und grobe Archetypen sind, scheinen hier auf dem Wasser zu tanzen. Die sanften, fast idealisierten Züge, gemeinsam mit den weichen Farben, die typisch für die Spätwerke des Malers aus Città della Pieve sind, machen die Komposition, die auch ein perspektivisches Meisterwerk ist, zu einem perfekten Renaissance-Gemälde. In diesem Sinne ist das Fresko eines der emblematischsten Ergebnisse von Peruginos „klarer Manier", bei der die außergewöhnliche Zartheit und Leichtigkeit seines Pinselstrichs zum Ausdruck kommt und Figuren und Dinge in eine besonders stimmungsvolle atmosphärische Duftigkeit getaucht scheinen. Die Umgebung ist wahrscheinlich ein Ausschnitt der Landschaft um Foligno: Hier entspricht der Topino dem Jordan. Über dem Fresko befindet sich eine Lünette, ebenfalls von Perugino, in der Der Heilige Vater zwischen zwei anbetenden Engeln dargestellt ist. Das Werk wurde von Giovan Battista Merganti in Auftrag gegeben, wie aus der Inschrift unter der Lünette und den Familienwappen in der linken oberen Ecke hervorgeht.