Rénovée dès la seconde moitié du XIIIe siècle, elle a été agrandie en 1367 dans sa partie orientale, obtenant son plan rectangulaire actuel.

En 1471, une première loggia est construite au-dessus de l'église et, probablement, de la tour circulaire située à gauche de l'entrée actuelle. Au cours du XVIe siècle, d'autres galeries ouvertes ont été construites, celles-là mêmes que l'on peut encore voir sur trois côtés de la cour intérieure, incorporant des parties de celles du XVe siècle. C'est probablement à l'occasion de ces nouveaux travaux, ou peu avant, que les deux fresques représentant la Nativité et une composition avec la Vierge, saint Jean-Baptiste et saint Jacques ont été peintes à l'intérieur de l'église. D'autres travaux, mais mineurs, ont eu lieu en 1644, lorsque le puteal en grès a été construit sur une citerne existante.

En outre, en 1502, la conspiration (régime au Magione in Perugino) ourdie par certains nobles contre Cesare Borgia, dont Macchiavelli parle dans « Le Prince », s'est déroulée ici. 

Le nom de Badia (abbaye), par lequel les habitants de Magione désignent cette structure, s'est imposé à l'époque moderne, lorsque le terme Magione a cessé de désigner la ville elle-même, ce qui était encore le cas au XVIe siècle, pour désigner le village au lieu du plus ancien Pian di Carpine. En outre, dès la fin du XVe siècle, l'abbaye de Mansionis Plani Carpinis est mentionnée dans la documentation.

Aujourd'hui, la structure est le centre opérationnel d'une vaste exploitation agricole, dont les produits se caractérisent par leur grande qualité. Les différents types de vin semblent presque rehausser leur saveur dans les anciens murs du château, rencontrant l'appréciation générale de ceux qui les boivent. Sa qualité est telle qu'elle rend actuel ce qu'avait déjà affirmé l'humaniste Giannantonio Campano qui, au milieu du XVe siècle, affirmait qu'il y avait peu de régions où l'on produisait de meilleurs vins qu'autour du lac Trasimène.