Une fois cette partie accomplie par les disciples du Maître d’après ses dessins, on passa aux murs où l’on peut admirer les Vertus Cardinales, des personnages illustres de l’histoire grecque et romaine (La Prudence et la Justice au-dessus de six sages antiques) et les Arts libéraux.

Sur le mur du fond on trouve les épisodes de la Transfiguration et de la Nativité.

Sur le mur long de droite il y a enfin les Six Prophètes et les six Sibylles avec Dieu le Père bénissant en haut.

Les thèmes furent, apparemment, imposés par l’humaniste Francesco Maturanzio, professeur à Vicence et à Venise, et ensuite, après son retour au pays, vers 1498, secrétaire des Décemvirs.

Une grande partie des fresques fut réalisée personnellement par le Pérugin, qui fit appel à certains de ses collaborateurs sous son étroite surveillance. Il existe en outre l’autoportrait de l’artiste dans un petit cadre suspendu au faux pilier mitoyen du mur gauche.

À côté de la Sala dell’Udienza on trouve la Chapelle de Saint Jean-Baptiste, avec des fresques de Giannicola di Paolo, exécutées de 1513 à 1529 : les fresques sur la voûte ont un fort caractère pérugin, tandis que sur les murs elles prennent pour exemple les ouvrages de la même époque de Raphaël, Sodome, Andrea del Sarto.