Durante il XIII secolo venne rilevato dal Comune che divise la struttura in due piani destinando il piano inferiore a carcere e quello superiore ad aula del consiglio.
L'attuale aspetto dell'interno risale ai secoli XVII-XVIII; nel 1634 la chiesa, già intitolata a Santa Maria sopra Minerva dal 1539, venne rialzata e prolungata su progetto di Giacomo Giorgetti.
La volta è stata interamente affrescata nella metà del XVIII secolo da Francesco Appiani con la Gloria di San Filippo e Virtù Cardinali e Teologali.
Dello stesso periodo sono i due altari laterali, su disegno di Pietro Carattoli, la cantoria ed i coretti. L'altare di destra è ornato da una tela con la Morte di Sant'Andrea Avellino di Anton Maria Garbi mentre quello di sinistra da la Morte di San Giuseppe dipinta da Martin Knoeller. Questi artisti hanno lavorato anche in altre tele che oggi si trovano in sagrestia.
L'altare maggiore è decorato da pregevoli stucchi seicenteschi.
Recentemente sono stati condotti lavori di restauro che hanno portato alla luce alcune testimonianze di epoca romana come l'antica pavimentazione del tempio ed un possente muro di sostegno.