Einfach und streng ist die architektonische Linie der Apsis, mit den drei Kapellen am Ende und dem gotischen Bogengewölbe darüber. An den Wänden sind Fresken der Schule aus Siena, den Marken und Umbrien aus dem 15. Jh. vorhanden, darunter eine "Kreuzigung", eine "Himmelfahrt und Heilige" und ein "San Antonio Abate" .
Die beiden Renaissance-Altare an den Seiten des Hauptaltars bewahrten die "Kreuzigung" von Raffaello auf, welche um 1503 für sie Familie Gavari gemalt wurde. Heute befindet sie sich in der National Gallery in London, und das "Märtyrertod des heiligen Sebastian" von Luca Signorelli, gemalt im 1498 für die Familie Brozzi und heute aufbewahrt in der Pinakothek von Città di Castello. Auf dem Hauptaltar ist der Körper der seligen Margherita (1287-1320) aufbewahrt, Tertiär-Domenikanerin, genannt die Blinde aus Metola, nach ihrem Geburtsort. Der Chor aus Holz, der aus 26 Gestühlen mit fantastischen Einlegearbeiten besteht, befindet sich in der weiträumigen Apsis und stellt ein wertvolles Werk des Manno dei Cori dar. Das 1939 restaurierte Tor ist ein Werk des Steinmetzmeisters Pietro Pazzaglia. Über dem Tor befindet sich ein Fresko des Malers Aldo Riguccini aus Città di Castello.