Al centro dell’abside si trova l’altare maggiore, mentre i due laterali si trovano nell’unica navata.
Merita menzione l’organo, posto sopra l’ingresso, con cantoria decorata (sec. XVIII), fu infatti costruito nel 1793 dal celebre Gaetano Callido di Venezia per la chiesa, oggi non più esistente, di S. Francesco in Fabriano e fu poi trasferito a Sigillo nel 18692. E' a tutt’oggi il primo ed unico esemplare esistente in Umbria di tale autore.
Di rilevante interesse anche Il coro, in noce con ampi e numerosi stalli, e leggio imponente, porta la data del 1679. Sopra il coro, in una ricca cornice, vi è un quadro settecentesco raffigurante il Martirio di Sant’Andrea.