La Madone de la Merci (1512-13), est un panneau de grandes dimensions (201 x 147 cm) qui représente la Vierge au moment où, entourée de deux anges, elle accueille sous son manteau deux saints, un desquels (celui à droite) est Jérôme, tandis que l’autre à gauche a été identifié comme San Manno ou San Marino. Le rouge de la Vierge ressort ainsi que le vert et le bleu de son manteau et des vêtements des Anges. Les commanditaires, une femme en robe sombre et un homme en gris, représentés en prière derrière les saints, n’ont pas été identifiés.

Enfin le Gonfalone di Sant’Anna (La Bannière de Sainte-Anne) est une peinture à la tempéra sur panneau (198,5x135 cm) datée de 1512-13 environ et attribuée à l’échoppe du Pérugin. Elle était conservée dès le début du XXe siècle dans l’église mère du bourg (Sainte-Marie Majeure), pour être ensuite transférée dans le musée de la ville. Sainte-Anne avec la Vierge à l’Enfant Jésus protègent la ville de Bettona contre la peste avec Saint-Crispolto et Saint-Antoine de Padoue. Sur le fond, on remarque le petit village ombrien, représenté à travers une vision idéalisée. Récemment le scénario le plus probable est celui selon lequel les deux saints, le fond et la figure de la Vierge ont été peints par le Pérugin, tandis que la partie supérieure, qui comprend l’Enfant Jésus, Sainte-Anne, le Christ et les deux saints moines, a été achevée par un de ses disciples.