Notevole è la cappella del SS. Sacramento (sec. XVI) in forma ottagonale che conserva una interessante tavola attribuita a Taddeo Zuccari e i monumenti marmorei dei Vescovi Bartolomeo e Baldo Farrattini, quest'ultimo splendida opera d'arte dell'artista orvietano Ippolito Scalsa.

Le pareti sono affrescate dal Luigi Fontana. Nella cattedrale sono inoltre presenti sculture di Agostino di Duccio, Ippolito Scalza e del Dosio. Da evidenziare inoltre il fonte battesimale in stile rinascimentale, con piccola statua in marmo di S. Giovanni Battista riferibile forse alla scuola del Donatello. Da ricordare che sotto l'altare si custodiscono i corpi dei Santi protettori di Amelia Santa Fermina e Sant'Olimpiade.

Sulla parete a sinistra dell'altare è esposta la copia della "Croce dell'Evangelizzazione" che, nel 1514, fu benedetta ed innalzata da Mons. Alessandro Geraldini, primo Vescovo che arrivò nell'Isola "La Española" corrispondente attualmente alla Repubblica Dominicana e ad Haiti che Giovanni Paolo II ha consegnato nel 1986 alla Diocesi di Amelia.
Infine sono conservati nella cattedrale due importanti organi: L'organo grande costruito nel 1904 dalla ditta Rieger di Jaegerndorf nella Slesia Austriaca dentro la cassa settecentesca posta in cornu epistulae nel presbiterio e un raro organo ad ala del 1600 recentemente restaurato.