La chiesa è sorta insieme al monastero annesso delle monache benedettine, ora soppresso. Fu compiuta nel 1602 come testimoniano le iscrizioni che si leggono sulla volta.
La facciata del tardo '500 è a forma bipartita. Belli i portali di travertino, sopra cui si estendoni dei festoni e altri ornati di stucchi.
Nella parte superiore si notano due belle finestre con un ovale in alto.
Un bel timpano completa l'opera, che si impone per armonia di linee e proporzioni. L'interno si presenta nel suo insieme armonico e solenne, si nota la nascente linea barocca piena di nobiltà e luminosità.
Sulla volta si notano dei bei stucchi, di cui quello centrale più grande, rappresenta S. Margherita, che si impone per la linea e per l'arditezza del rilievo.
Alle pareti il pennello degli Zuccari (forse Federico) ha lasciato una sequenza di episodi della vita della Santa, dalla sua cattura, alla flagellazione, alla prova dell'olio bollente ed alla decapitazione in cui il realismo viene contemperato dalla espressione manieristica.
Intorno agli altari laterali si osservano altri affreschi raffiguranti immagini di santi, mentre un ornato grottesco agilissimo viene a dare vivacità alle linee della piccola abside.
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