A destra dell’ingresso, altare marmoreo di Gaio Titieno Flacco (oggi utilizzato come acquasantiera) già presente in Santa Maria Maggiore dal XV secolo, accanto battistero in marmo, a forma di pisside, opera di Gasparino da Val di Lugano (1509-1511).  

Lungo la parete sinistra si apre dopo l’altare, la Cappella Baglioni, commissionata nel 1500 da Troilo Baglioni all’artista Bernardino di Betto detto il Pinturicchio (Perugia, 1452 circa – Siena, 11 dicembre 1513). Presenta un pavimento ricco di decorazioni maiolicate di Deruta del 1566.

La cappella è interamente decorata ad affresco dall’artista, a partire dalle vele della volta con le sibille Tiburtina, Eritrea, Europea, Samia sedute in trono; alla parete sinistra, l’Annunciazione con autoritratto e firma dell’artista. Alla parete di fondo, Adorazione dei pastori e arrivo dei Magi , alla parete destra, Disputa tra i dottori nel Tempio.

Sempre lungo la parete sinistra da notare il pulpito rinascimentale in pietra arenaria di Simone da Campione (1545). L’altare maggiore coperto dal ciborio (o tribuna) in pietra caciolfa di Rocco di Tommaso da Vicenza (1515). Nei tondi; otto teste in terracotta di Giandomenico da Carrara: Profeti (1562). 

Ai pilastri che fiancheggiano l’abside due opere di Pietro Vannucci detto il Perugino, a sinistra Pietà, San Giovanni Evangelista, e la Maddalena, asportato da sede ignota (opera datata 1521) e a destra Madonna con Bambino, Santa Caterina d’Alessandria e San Biagio, asportato da sede ignota (opera datata 1521).