Trascorse qui anche un periodo di malattia, durante il quale i frati costruirono per lui, accanto allo speco, una celletta in pietra con un letto in legno.

Il piccolo chiostro risale al ‘400, quando San Bernardino da Siena fece costruire il dormitorio, le cui finestre si affacciano sulla parte centrale del fabbricato, e il refettorio, che è possibile visitare.

Nel chiostro si può ammirare la cappella di San Silvestro, riportata alla luce con gli ultimi restauri e dove sono conservati affreschi del ‘300. Da questa, attraverso uno stretto corridoio, si accede al locale che racchiude il pozzo, di cui parlano i Fioretti e Tommaso da Celano, dove fu attinta l'acqua che S. Francesco, malato, trasformò in vino.

La chiesa del convento è della fine del 1500, molto semplice, conserva nella cappella una bellissima croce a intarsio di madreperla, opera di un frate francescano, e un calice del ‘400 originale per materiale con cui è fatto. Salendo si arriva alla cella di S. Francesco dove è custodito il "letto": quattro legni sconnessi. Accanto c'è la cappella con le pareti decorate da affreschi che riproducono gli episodi che si verificarono in questo luogo. A sinistra, uscendo, si osserva la grande fenditura nella roccia.

Oggi l'Eremo si caratterizza per essere una Casa di preghiera.