Die erste Kapelle rechts, der Madonna del Carmine oder Sant’Antonio, gehörte der Brüderschaft des Santissimo Sacramento und der Misericordia (des Heiligen Sakraments und der Barmherzigkeit) an. Es stellt die Madonna del Carmine mit den Heiligen Antonio da Padova, Vito, Antonio abate und Filippo Neri dar. Der Künstler sowie das Datum der Ausführung sind unbekannt, aber es lässt sich auf Mitte des 17. Jh. zurückzuführen.
Die Gruppe der Madonna mit Kind ist leicht nach links versetzt, um der Gruppe Harmonie zu verleihen. Diese Komposition leitet den Blick nach oben und endet links mit zwei Cheruben und einer Wolke, die das Szenarium bedeckt.
Im hohen Teil der Kapelle befindet sich die Statue von San Michele Arcangelo (Erzengel Michael), eine Kopie des Werks von Andrea Sansovino und ist eins der Werke, das bereits vor dem Bau der Kirche bestand. Die zweite Kapelle rechts, heute der Madonna genannt, war ursprünglich ein San Bernardino da Siena gewidmeter Altar, der von der vorherigen Kirche hierher gebracht wurde.
Die erste Kapelle links ist die einzige Adelskappelle. Sie gehörte der Familie Gentiloni aus Todi an und ist Sant’Orsola gewidmet. Es ist sicherlich die barockste von allen: Sie ist nicht streng wie die anderen und folgt der Entwicklung der Kirche in die Höhe.
Die letzte Kapelle, die zweite links, wurde von der Brüderschaft des Santissimo Rosario (des Heiligen Rosenkranzes) verwaltet. Es ist der Altar der Madonna del Rosario und der Name stammt von dem sehr wertvollen Altarbild, das sie schmückt. Ein Werk des wichtigsten Künstlers des anfänglichen Barocks in Todi, Andrea Polinori. Das Werk stellt die Madonna del Rosario und Heilige dar, unter denen man San Domenico und Santa Caterina da Siena im Vordergrund erkennen kann, während die Heiligen im Hintergrund nicht erkennbar sind.
