Das Erdbeben von 1832 brachte das Hauptschiff bis zum Gewölbekreuz und Teile der Seitenschiffe und den oberen Teil der Fassade zum Einbruch. Die Kuppel und die Apsis blieben unversehrt.

Unter der Kuppel befindet sich das Herzstück der Basilika, die sogenannte Kapelle der Portiuncula, die wie eine kleine Kirche aussieht. Anfang des 13. Jahrhunderts gehörte diese verlassen in einem Steineichenwald stehende Kirche den Benediktinern des Subasio. Um das Jahr 1205 wählte Franziskus sie zu seiner Unterkunft, restaurierte sie eigenhändig und gründetet dort den Franziskaner Orden. Um die Portiuncula herum wurden die ersten Hütten der Mönche aus Lehm und Schilfrohren gebaut. An diesem Ort hielt sich der Heilige am häufigsten auf, dort erhielt Clara den Habit (1212). Hier spielte sich auch die Episode der „Schilfmatten" ab, bei der über 5000 Mönche teilnahmen, außerdem erhielt Franziskus hier von der Jungfrau Maria den Generablass.

Die Portiuncula ist ein rechteckiger sehr einfacher Bau aus mehrfarbigem Gestein vom Monte Subasio. Der obere Teil der Fassade ist mit einem Fresko verziert (Franziskus fleht Jesus und Maria um Nachsicht und Vergebung an) von Friedrich Overbeck aus Lübeck (1829). Auf der rechten Seite sieht man die Reste von zwei Fresken aus dem 15. Jahrhunder der senesischen Schule: Madonna mit Kind auf dem Thron mit den Heiligen Franziskus und Bernardin. Im oberen Teil sieht man den Leidensweg (der obere Teil des Bildes ist nicht erhalten), ein Fresko von Perugino. Die Türflügel stammen aus dem 15. Jahrhundert, im Inneren findet man ein spitzbogenförmiges Gewölbe, das durch den Rauch Lampen etwas geschwärzt ist; am Altar sieht man die Verkündigung und Geschichten der Vergebung, ein großes Tafelbild von Olario von Viterbo (1393), von dem auch die Fresken mit den Evangelisten im Gewölbe stammen; auf der linken Seite das Fresko Imago Pietatis.

Palazzo del Popolo

Der Palazzo del Capitano befindet sich am Hauptplatz von Assisi, der Piazza del Comune. Er wurde links neben dem Minervatempel Mitte des 13. Jahrhunderts erbaut und im Jahr 1827 wiederhergestellt und mit einem Zinnenkranz ausgestattet, zusammen mit dem nahen Turm Torre del Popolo, der 1305 vollendet wurde. Der Turm hat einen quadratischen Grundriss und ist 47 Meter hoch.

1282 ließ der Capitano Guido de' Rossi aus Florenz sein Wappen zwischen zwei Schilde einmauern mit dem symbolischen Kreuz der Stadt.

Die Zimmer befinden sich im Erdgeschoss. Darin finden sich von Adalberto Migliorati bemalte Wände, die die mittelalterlichen Berufe darstellen.

Im ersten Stock befindet sich die Bibliothek der Internationalen Gesellschaft für Franziskanischen Studien.