Die Fassade wurde 1925-30 errichtet. Im gleichen Jahr, 1930, wird auf die Spitze der Fassade die Statue der „Madonna degli Angeli", des Bildhauers Colasanti eingefügt, während der aktuale Platz vor der Kirche nach einem Projekt des Architekten Nicolosi im Jahr 1950 entstand.

Innen besteht die Basilika aus drei Schiffen und mit seitlichen Kapellen deren Wanddekorationen die am besten gegliederte Ausstellung der umbrischen Malkunst des späten 15. und frühen 16. Jh. darstellt. Von hohem künstlerischem aber vor allem religiösem Interesse, das an das Leben des Heiligen gebunden ist, ist die Kapelle der Porziuncola und die Kappelle del Transito.

Die Kapelle der Porziuncola aus dem 10. bis 11. Jh. ist S.Maria degli Angeli oder S. Maria della Porziuncola gewidmet. Um 1205 bestimmte der Hl. Franziskus hier seinen Wohnsitz, restaurierte sie und gründete den Franziskanerorden (1208). Der obere Teil der Fassade ist mit einer Freske von Friedrich Overbeck aus Lübeck (1829) geschmückt und stellt den „Hl. Franziskus der Jesus und Maria um Ablass bittet" dar. Auf der rechten Seite sind Teile von Fresken sichtbar mit Einfluss der sienesischen Schule aus dem 14. Jh. Auf dem Altar das große Altarbild von Ilario da Viterbo, das die „Ankündigung und Geschichten der Gnade" darstellt.

Die Kapelle des Transito: Es handelt sich um Zelle der Krankenstube, wo der Hl. Franziskus am 3. Oktober 1226 stirbt. Außen befinden sich Fresken von Domenico Bruschi (1886), Tod und Begräbnis des Hl. Franziskus. Im Inneren Fresken des Spagna. In der Kapelle befindet sich eine Nische mit der glasierten Terrakotta Statue des Hl. Franziskus von Andrea della Robbia.

Von der Sakristei tritt man in den Korridor der zu dem Rosengarten führt, ein kleiner Garten in dem nur Rosen ohne Dornen wachsen und der an eine Legende aus dem Leben des Hl. Franziskus gebunden ist. Neben dem Rosengarten befindet sich die Kapelle des Roseto (1518), aus drei Räumen bestehend und mit Fresken von Tiberio d'Assisi, dem auch die Wandmalereien des Oratoriums von S. Bonaventura (1506) zuzusprechen sind. Entlang des Ausgangswegs sieht man links den Kreuzgang aus dem 14. Jh. und die Reste des Klosters aus der Zeit von S. Bernardino di Siena (15. Jh.)