Die Decke besteht aus Kreuzbögen, die von Bögen unterbrochen sind und endet in der großen halbrunden und erhöhten Apsis, welche die Krypta aus dem 19. Jh. überragt.

Im Bereich der Apsis befindet sich der Hauptaltar von Ende des 14. Jh., der 1965 wieder rekonstruiert wurde, mit Bassreliefs die die Geschichte von San Benedetto darstellen, ein Werk von Guglielmo Ciani. 

Die Basilika verfügt weiterhin über schön geschmückte Wände mit Gemälden von Ulisse Ribustini von 1907 bis 1924.

Die Basilika, so wie wir sie heute sehen, wurde circa Mitte des 13. Jh. erbaut, aber ursprünglich befand sie sich außerhalb der heutigen Stadtmauern von Gualdo Tadino, in einem Ort der „di San Benedetto Vecchio" genannt wurde.

Es handelte sich um eine wichtige Benediktiner-Abtei, die 1006 von dem Grafen Offredo auf den Ruinen einer antiken Einsiedelei gegründet wurde.

Der Graf legte das Mönchsgewand an und ab dem Moment an, begann die Abtei an Wichtigkeit zu gewinnen und wird schließlich zu einer der einflussreichsten des gesamten Gebiets. Trotzdem, da sie sich außerhalb der Stadt befand, fiel sie oft verschiedenen Raubzügen zum Opfer. Aus diesem Grund baten die Mönche im Jahr 1215 Papst Innozenz III darum, an einen geschützteren Ort umsiedeln zu dürfen. 

Wie man auf dem gemauerten Grabstein auf der linken Seite der Kirche lesen kann, wurde die Abtei 1265 nach Gualdo Tadino verlegt. Sie wurde mit Hilfe lombardischer Meisterhände im spätrömisch-gotischem Stil, in dem wir sie heute sehen, praktisch wieder aufgebaut.

Anschließend, im Lauf der Jahrhunderte, fanden weitere Restaurierungsarbeiten statt, vor allem zwischen dem 18. und 19. Jh. Der Glockenturm im neorömischen Stil und der Wiederaufbau des Inneren der Kirche 1875, nach einem Projekt von Virginio Vespignani.

Im Jahr 1915 wurde die Kirche San Benedetto von Papst Benedetto XV zur Kathedrale ernannt, und wie man sehen kann, wurden vor kurzem weitere Renovierungsarbeiten vorgenommen.