Jahrhundert wurde das Gebäude von der Stadt übernommen, die es in zwei Stockwerke unterteilte, wobei der untere als Gefängnis und der obere als Ratsversammlungsraum diente.

Die heutige Erscheinungsform des Innenraums geht auf das 17.-18. Jahrhundert zurück; 1634 wurde die Kirche, die bereits seit 1539 Santa Maria sopra Minerva hieß, nach den Plänen von Giacomo Giorgetti erhöht und verlängert.

Das Gewölbe wurde Mitte des 18. Jahrhunderts von Francesco Appiani vollständig mit Fresken ausgemalt mit den Motiven Herlichkeit des hl. Philipp, Kardinaltugenden und Theologische Tugenden.
Aus der gleichen Zeit stammen die beiden Seitenaltare, nach den Zeichnungen von Pietro Carattoli und das Chorgestühl. Der rechte Altar ist mit einer Leinwand mit dem Tod des hl. Andreas von Avellino von Anton Maria Garbi geschmückt, während über dem linken eine von Martin Knoeller bemalte Leinwand mit dem Tod des hl. Joseph hängt. Diese Künstler haben auch andere Leinwände bemalt, die heute in der Sakristei aufbewahrt werden.

Der Hauptaltar ist mit kostbaren Stuckarbeiten aus dem 17. Jahrhundert verziert.

Vor kurzem kamen bei Restaurierungsarbeiten einige Stücke aus römischer Zeit ans Licht, Teile des antiken Bodenbelages des Tempels und eine mächtige Stützmauer.