Im Inneren der Klausurmauer befindet sich die Kapelle der Hl. Katherina von Alexandrien oder die Portiuncula von Monteluco; es handelt sich um eine sehr alte Klause, die Jahrhunderte lang der orientalischen Heiligen gewidmet war, und die an die syrische Einsiedler-Bewegung des 6. Jh. erinnert, und die den Beginn der franziskanischen Einsiedelei bezeichnet.
Im kleinen Hof auf der linken Seite befindet sich die Kapelle des Hl. Bernardins, die zehn Jahre nach dem Tod des Heiligen errichtet wurde und mehrmals im Laufe der Jahre verändert wurde.
Das Oratorium des Hl. Antonius von Padua wurde aus den Räumen des alten Holzschuppens in den fünfziger Jahren gewonnen, um genügend Platz für die Gläubigen der Pfarrei während der Gottesdienste zu bieten. 1994 wurde es vollständig renoviert.
Die kleine Kirche der Hl. Franz von Assisi und Katherina von Alexandrien bewahrt in ihrem Inneren einige bedeutende Werke: Die rechte Kapelle ist dem Seligen Leopold von Gaiche gewidmet, der in dem Altarbild von Giuseppe Moscatelli abgebildet ist; sein Leichnam ist in einem gläsernen Sarg unterhalb des Altars eingeschlossen.
Am Hochaltar befindet sich das Gemälde Muttergottes mit Kind und die Hl. Katherina, Franz, Antonius von Padua und Josef von Lazzaro Baldi; oben, seitlich vom Altar die Madonna delle Grazie, ein Gemälde des siebzehnten Jh. von Carlo Dolci und Entahuptung der Hl. Katherina, Kopie von Ercole Gennari des Guercino; der aus edlen Hölzern geschnitzte Altar und Tabernakel sind ein Werk des Bruders Bernardino di Collelungo und gehen auf das Ende des 17. Jh. zurück; die Schränke aus Nussholz neben dem Altar stammen aus der gleichen Zeit. Der Patrizier Francesco Martorelli aus Spoleto ließ sie ausführen; sie enthalten eine Sammlung von Murano-Gläsern mit Reliquien, die von den Familien Barberini und Cibo gestiftet wurden. In der Apsis ist ein kleines Chorgestühl aus Nussholz untergebracht.
Im Inneren des Heiligtums sind noch die alten Zellen der Brüder zu sehen: Die sieben kleinen Zellen, die vom alten Dormitorium erhalten blieben, sind, gemäß der Überlieferung, die gleichen, die von Franz und seinen Mitbrüdern errichtet wurden. Die Schlichtheit der verwendeten Werkstoffe und deren Beengtheit sind das eindrucksvollste, jedoch gleichzeitig strengste Zeugnis der wahrsten Bedeutung der franziskanischen Armut.
