Tout de suite à droite de l’entrée se trouve la petite fenêtre par laquelle saint François jeta l’argent que le curé de San Damiano avait refusé pour la restauration de l’église. Sur les murs sont visibles des restes d’enduit, délimités par des cadres polychromes préparés pour des fresques qui n’ont jamais été réalisées. Dans la chapelle ajoutée en 1535 il y a un Crucifix en bois (l’expression du visage change selon le point d’observation), sculpté par Fra Innocenzo da Palermo en 1637. Sur le maître-autel se trouve une copie du Crucifix qui parla à saint François (l’original est conservé dans la basilique Santa Chiara). Le chœur en bois de 1504 couvre en partie une petite fenêtre (réouverte) à travers laquelle les Clarisses communiquaient et devant laquelle fut fait passer le corps de saint François quand il fut ramené à Assise de la Porziuncola.

En passant dans le vestibule à droite, sous lequel furent enterrées quatre compagnes de sainte Claire, on arrive à la sacristie. À gauche il y a le chœur tout simple où se trouve le lutrin de sainte Claire. Sur l’autel, Crucifixion, une fresque de Pier Antonio Mezzastris de 1482. À gauche on voit une petite pièce dans laquelle selon la tradition se réfugia François poursuivi par son père.

En revenant dans le vestibule, on monte par un petit escalier et en sortant, à droite, on arrive dans le Jardin de sainte Claire, une toute petite terrasse avec vue sur la plaine.

Si l’on descend dans le cloître on voit sur les deux murs d’angle Saint François recevant les stigmates et L’Annonciation, des fresques d’Eusebio da San Giorgio (1507).
On passe ensuite dans le réfectoire rectangulaire bas de plafond, voûté, qui ressemble à une crypte, avec des bancs et tables d’origine : une croix et un vase de fleurs indiquent la place occupée par sainte Claire.