L'Ermitage des Carceri est un sanctuaire situé dans la forêt dense du Mont Subasio, à environ 4 km, pour se retirer dans la contemplation et mener une vie austère de prière intense.

Le mot Carceri, qui pourrait prêter à confusion, ne signifie pas prison, mais vient du latin carcer, qui signifie lieu isolé et solitaire. C'est ainsi qu'est né le terme carcerare, qui se rapporte aux moines pour décrire l'acte de se retirer en prière à la manière d'un ermite.

Ce sont les moines bénédictins qui ont fait don de l'Ermitage des Carceri à Saint François en 1215, ce qui en fait l'un des lieux les plus significatifs de l'expérience franciscaine: immergé dans un bois silencieux et paisible de chênes verts séculaires, Saint François a réalisé sa vocation, apprenant à prier intensément.

En descendant par un passage étroit, on atteint la Grotte de Saint François, où, selon l'historiographie franciscaine, le Saint a eu sa première véritable méditation, dans laquelle il est devenu un autre homme. Une autre histoire est celle de Saint Rufinus, un compagnon de Saint François, qui a réussi à surmonter la tentation du diable. On dit que le trou dans le sol à l'intérieur de la grotte a été causé par le diable lui-même, lorsqu'il a été vaincu, s'enfonçant dans l'abîme.

Grâce à l'inventivité et à la créativité des frères, la structure a été agrandie au fil du temps, surtout au début des années 1400, sur l'ordre de Saint Bernardin de Sienne.