Rufion est probablement au service de l'empereur pendant la guerre civile d'Alexandrie (48-47 av. J.-C.) ; à la fin du conflit, César lui confie le commandement des trois légions qu'il a laissées à Alexandrie pour soutenir la reine Cléopâtre, son amante. Plus tard, les légions devinrent quatre et, en 43 avant J.-C., Aulus Allienus en prit le commandement.

La villa montre une continuité d'utilisation jusqu'au IVe siècle après J.-C., avec une restauration substantielle à l'époque flavienne. La proximité de la Via Flaminia et le matériel issu des fouilles archéologiques suggèrent une structure composée de plusieurs pavillons, dont le principal et le plus important avait peut-être son entrée à proximité immédiate de la route consulaire. En effet, les fouilles ont permis de mettre au jour 18 pièces, dont deux appartenaient à un établissement thermal, décorées de mosaïques qui ne sont que partiellement conservées ; les décorations murales sont également riches, dont il reste des frustes du revêtement de marbre et des fresques.

Les précieux objets provenant de la villa romaine de Rufione sont conservés au musée archéologique Antiquarium, près de Montecchio, et ont été d'une importance fondamentale pour l'étude de la vie quotidienne à l'intérieur de la villa : fragments de fresques et de stucs polychromes, balsamaires en verre, clous et objets en fer, pièces de monnaie, ainsi que du mobilier en terre cuite et en amphores.