Il livello del pavimento del portico e quello della chiesa sono più bassi rispetto al livello della strada.

L'interno, a pianta rettangolare, è diviso in tre navate da pilastri. 

La navata centrale, più alta, è con volta a botte, mentre le laterali, aggiunte nel XV secolo, sono coperte con volte a crociera.

Nella navata sinistra sul primo pilastro è una Madonna del Latte attribuita a Giovanni di Corraduccio mentre sulla parete una Madonna con Bambino e San Giovanni Evangelista su un fondo dipinto con un arazzo sorretto da Angeli, opera firmata da Ugolino di Gisberto e datatabile al XVI secolo; sulla faccia interna del secondo pilastro, entro un'edicola, è una Madonna con Bambino in stucco policromato della fine del XV secolo e una lastra tombale con l'immagine del giacente.

Sul terzo pilastro, sotto l'arco a destra sono raffigurati San Rocco e Angeli.

Nella navata centrale presso la porta è un San Girolamo attribuito sempre a Pierantonio Mezzastris; sul primo pilastro è raffigurata entro nicchia una Madonna con il Bambino tra Angeli opera attribuita a Lattanzio di Niccolò; seguono affreschi  del XIV secolo raffiguranti i Santi Pietro e Paolo, la Madonna con il Bambino poppante, l'Annunciazione; nel secondo pilastro a sinistra, all'interno di una nicchia è un busto in cartapesta policromata del XVI secolo, raffigurante Gesù con le mani legate e la corona di spine.

La navata di destra ha nelle nicchie immagini di Crocifissioni; sotto il primo arco è un Cristo portacroce attribuito a Niccolò Alunno; sul secondo pilastro Santa Lucia e Sant'Amico, di Pierantonio Mezzastris; sotto il secondo arco un San Pietro martire riferibile a Niccolò Alunno. Presso l'altare affreschi raffiguranti Santa Caterina d'Alessandria e San Girolamo di Pierantonio Mezzastris.

Nella parte terminale della navata sinistra si apre una cappella che  presenta due belle bifore alla parete destra: nello strombo di una di esse è un affresco raffigurante l'Arcangelo Gabriele e Disma (il buon ladrone), della seconda metà del XII secolo; nella nicchia di fondo è un Cristo benedicente tra San Pietro e San Paolo e una decorazione che sembra rifarsi ad un arazzo orientale mentre la statua lignea romanica della Madonna  è databile al XII secolo.

 

Curiosità

Fino al XIII secolo la chiesa era esterna alle mura della città ed era chiamata "foris portam"; con la costruzione della nuova cinta alla fine del Duecento, l'edifico venne a trovarsi fra le due mura urbiche e prese il nome di " infra portas".