Dietro l'abside della chiesa rimane il grazioso e piccolo chiostro francescano recentemente riacquistato e ristrutturato dal Comune, il refettorio e parte dei dormitori.

All'interno vi è una interessante icona rappresentante la Vergine col Figlio in braccio della prima metà del XIV secolo, invocata da sempre dagli Acquaspartani, con il titolo di Madonna della Stella. L'immagine di questa Madonnina compare in tutta la storia di Acquasparta, specialmente in occasione di pestilenze, di terremoti, di guerre. 

Si conserva inoltre una tela francescana copia della celebre tela di Margheritone di Arezzo che si trova in Firenze agli Uffizi e raffigurante San Francesco e, sui lati, noti episodi della vita del Poverello di Assisi.
Da ultimo si deve ricordare l'antichissimo Crocifisso ligneo (sec. XIV), portato in questa chiesa da San Giovanni di Butris.