Divenuto presto inadeguato alle esigenze rappresentative del Comune, già intorno alla metà di questo secolo il palazzo venne rialzato di un piano e l'ingresso spostato sul lato dove si trova attualmente.
Nel 1267 il podestà Pandolfo Savelli fece costruire la maestosa scala che consentiva di accedere al primo piano di entrambi i palazzi dove si trovavano le sale di rappresentanza del potere. 
Nel 1523 venne costruita la torre campanaria prospiciente piazza Garibaldi, mentre all'inizio del Novecento Giuseppe Sacconi e Getulio Ceci restaurarono l'intero edificio aggiungendo il coronamento di merli. La facciata sulla piazza maggiore, in stile gotico, è caratterizzata da un basso porticato e da due ordini di polifore. Un cavalcavia seicentesco unisce i due palazzi del Popolo e del  Capitano che ospitano all'ultimo piano il Museo Civico Pinacoteca, riordinato e riaperto al pubblico nel 1997. Le raccolte civiche, organizzate in varie sezioni, ricostruiscono la storia millenaria della città di Todi.

Accessibilità - Museo Civico di Todi

Il Museo è raggiungibile con i mezzi pubblici: la fermata più vicina dell’autobus della linea C, che collega la stazione ferroviaria al centro storico, si trova in Piazza Jacopone distante circa 120 metri dall’ingresso del museo.

Per chi utilizza mezzi propri, Piazza del Popolo si trova all’interno della ZTL a cui si può accedere purché in possesso del permesso per disabili. Vi sono posti auto riservati ai disabili nell’adiacente Piazza Garibaldi; qualora siano occupati, è possibile parcheggiare in quelli riservati ai residenti (strisce bianche e gialle). Nell’eventualità siano tutti occupati si può parcheggiare anche direttamente in Piazza del Popolo, ma non quando è area pedonale.

Il Museo è accessibile a persone con difficoltà motoria o che necessitino di una sedia a rotelle, tranne per la grande sala che ospita le Sezioni dalla IV alla VIII del Museo della Città.

Per la visita da parte di persone ipovedenti o non vedenti è consentito l’ingresso ai cani guida.

Non sono disponibili audioguide e non sono presenti didascalie o pannelli informativi con iscrizioni in braille o a rilievo.