Con la riedificazione dell’attiguo monastero, l’abbazia aumentò i suoi possedimenti e la sua influenza sul territorio che le fu sottomesso fino al 1303. Nel 1477 Sisto IV cedette l’abbazia in commenda e nel 1517 divenne di proprietà di Francesco Cybo, per poi passare al comune di Ferentillo dopo l’Unità d’Italia.
Nel Quattrocento vi fu aggiunto il chiostro e nei primi anni del Cinquecento venne realizzata l’attuale facciata a capanna, molto sobria, con un portale rinascimentale sormontato da un rosone.
La chiesa, a croce latina, ha un’unica navata che va restringendosi verso il transetto, leggermente rialzato, concluso da tre absidi. Queste ultime e il transetto risalgono all’impianto originario dell’VIII secolo. La lastra marmorea dell’altare proviene dall’antica recinzione del presbiterio.
All’interno della chiesa sono custoditi alcuni frammenti longobardi e cinque sarcofagi romani con soggetto pagano, tranne uno di tipo asiatico che, secondo la tradizione, ospitò la salma del duca Faroaldo II.
Nella parte alta delle pareti laterali e nell’arco trionfale è visibile un importante ciclo di affreschi del XII secolo con Storie del Vecchio e del Nuovo Testamento che, per numero di scene e per stato di conservazione, è considerato tra i più importanti della pittura romanica in Italia, rappresentando una delle prime reazioni allo stile “ieratico” della pittura bizantina. Le restanti pareti e le tre absidi sono decorate con affreschi del XV e XVI secolo.
L’altare maggiore, posto al centro del presbiterio e realizzato con frammenti marmorei risalenti all'VIII secolo, ha la lastra del paliotto con iscritto Ursus Magister, primo esempio di scultura firmata dall’autore.
Il campanile, a pianta quadrangolare, si eleva per cinque piani scanditi da cornici in laterizio. Le pareti presentano numerosi frammenti lapidei di epoca romana.
Un portale della seconda metà dell’XI secolo immette nel chiostro, a pianta rettangolare e a doppio loggiato con le arcate inferiori risalenti al XII secolo, mentre quelle superiori sono successive. Nel cortile si trova un’ara circolare in marmo, di probabile origine greca, con bassorilievi di satiri e menadi.
I restanti edifici che costituiscono il complesso abbaziale, anch’essi probabilmente del XII-XIII secolo, sono raccolti intorno al chiostro.
