Im Jahr 1260 wurde die Kirche vollendet und nahm unter dem Hauptaltar die Überreste von Chiara auf.
Die Architektur ist an der oberen Basilika des Heiligen Franziskus inspiriert, wenn auch ein paar neue Elemente eingefügt wurden. Die Fassade besteht aus Streifen aus weißen und rosafarbenen Steinen des Monte Subasio; zwei Rahmen teilen sie in drei Zonen; die erste für das Portal, die zweite für die Fensterrose und die dritte für das Tympanon. Auf gleicher Linie des Portals, dessen Außenrahmen von zwei Löwen, die zwei Widder ergreifen, gestützt ist, befindet sich die elegante Fensterrose mit zwei Reihen kleiner Säulen und Bögen. Die seitlichen Strebebögen wurden Ende des 14. Jh. hinzugefügt.
Das Innere besteht aus einem einzigen Kirchenschiff mit einem Querschiff und einer polygonalen Apsis. Es enthält so gut wie gar keine Fresken, da es im 18. Jh. fast vollständig getüncht wurde. Über dem Altar sind nur einige Bilder mit Geschichten aus dem Leben der Heiligen verblieben, die dem Expressionistischen Meister der Heiligen Chiara (14. Jh.), einem Schüler Giottos, zugeschrieben werden, wie auch das Kreuz in der Apsis.

Von großem Interesse ist die Tafel mit der Heiligen Chiara und acht Geschichten aus ihrem Leben im linken Querschiff, ein Werk das ebenfalls dem Meister der Heiligen Chiara zugeschrieben wird (1238).
Auf der rechten Seite des Kirchenschiffs befindet sich die Kapelle von San Giorgio, in der das Kreuz (12. Jh.) von San Damiano bewahrt wird, das zum Heiligen Franziskus sprach.

In der Krypta, die zwischen 1850 und 1872 erbaut wurde und 1935 in neogotischer Form restauriert wurde, befinden sich die sterblichen Überreste der Heiligen Chiara.