Die Kirche ist reich an Malereien von Künstlern aus Gubbio aus dem 16. Jahrhundert (Nucci, Basili), aber auch von auswärtigen Künstlern (Sinibaldi Ibi, Giuliano Presutti, Dono Doni). Sehr bedeutend ist auch die Barockkappelle, die in der Mitte der rechten Wand liegt: sie enthält Fresken von Allegrini und eine Leinwand (die Geburt der Jungfrau) von Gherardi.
Links von Hauptaltar steht der Richterstuhl mit falschen Intarsien von Benedetto Nucci. Im Chor steht der Bischofsstuhl, der Mitte des 16. Jahrhunderts geschnitzt wurde. Der spätrömische Sarkophag unter dem Hauptaltar enthält Reliquien der Heiligen Jacob und Marian, den Namensgebern der Kirche. An den Wänden des Tempels sind noch Reste der Fresken aus dem 14. Und 15. Jahrhunderts zu sehen. Die Wandmalereien der Apsis, des Triumphbogens und der Kappellen auf der linken Seite sind Werk von Augusto Stoppoloni (1916-18).