Der Museumsrundgang ist in vierzehn Räume unterteilt, welche sich über 3 Stockwerde erstrecken und einem großen Raum welcher als Lager dient und auch zur Erforschung ausgestattet ist. Über eine archäologische Abteilung hinaus, welche einen anschaulichen Überblick der wichtigsten Produktionsstätten in Italien und Griechenland gibt, dokumentiert das Museum systematisch die lokale Herstellung, vom Mittelalter bis ins 20. Jh. Von besonderen Interesse ist die Abteilung über die Majolika in Lüsterfarben, eine Technik die den Töpferwerkstätten Derutas im 16. Jahrhundert einen besonderen Bekanntheitsgrad erlangen lies, sowie die Technik im sogenannten "compendiaria" Stil, des 17. Jh., welche durch ihre Komplexität im Dekor und metallischem Glanz geprägt sind. Die Themen in die die Ausstellung unterteilt ist sind unter anderem: Keramik in Apotheken, welche in einer alten Gewürzhandlung zusammengestellt sind, Fußböden aus dem 6. Jh. in Majolika und den Votivkacheln, die oft von denen der nahegelegenen Wallfahrtskirche Madonna dei Bagni inspiriert wurden. Die Besonderheit, die das Museum einmalig macht, ist der eiserne Turm, vier Stockwerke hoch und mit allen Ebenen des alten Klosters verbunden; es handelt sich hierbei um ein imposantes Bauwerk, das vor allem als Lager genutzt wird, aber öffentlich zugänglich ist und besonders zur Forschung ausgestattet wurde.