Wahrscheinlich heidnischen Ursprungs - man spricht von einem Tempel der dem Gott Genius gewidmet war, daher der Name Vallis Genii - Die Abtei,wurde von den Benediktinern für etwa vier Jahrhunderte lang amtierte, blieb ein blühendes Zentrum bis zum Zeitpunkt der Unterdrückung, der um 1442 aufgetreten ist .

Der aktuelle Komplex umfasst die Kirche, das Kloster und den Glockenturm, erbaut auf den Mauern des Turms.

Im Inneren der Kirche, gibt es Spuren der bestehenden Systeme, vor allem in der Krypta, ein Quadrat mit einer zentralen Säule der als Verstärkung der Gewölbe dient,außerdem findet man hier Kapitellen die den stilistischen Vorläufer des elften Jahundert folgen.

Mit der Abtei sind viele Fakten aus dem Leben des Heiligen Franziskus verbunden. Quellen erinnere die Abtei als der Ort, wo Francis flüchtete, nachdem er in der Nähe von Caprignone angegriffen wurde;der Empfang des Standes war nicht von der besten art,und dem Heiligen wurden Aufgaben eines Küchenjunge  zugewiesen. Jahre später,bat der Stand ihm um Vergebung und von diesem Zeitpunkt während der häufigen Wallfahrten nach La Verna,hat Franziskus oft Gastfreundlichkeit im Vallingegno erhalten.

Es wird auch gesagt, dass im Stall des Heiligen Klosters,Franziskus ein Lamm gefunden hat,dass durch den Biss einer grausamen Sau grausam getötet wurde,so traff er das Tier mit einem Fluch,und die Sau starb nach drei Tage voller Leiden.