All'interno ha un'unica navata con presbiterio quadrato.
Ci sono nove altari lignei del XVII e XVIII secolo, otto sono ai lati della navata e furono donati dalle famiglie nobili del paese, inoltre un altare
maggiore dedicato a San Carlo Borromeo con le statue lignee di San Macario e San Rocco ai due lati. L'altare maggiore è sormontato da un grande crocifisso con due angeli. Sul basamento della colonna destra dell'altare maggiore e sulla cantoria è rappresentato lo stemma della "Congregazione dei Possidenti", che poi diventerà lo stemma del Comune di Poggiodomo.
