Nella cappella della navata sinistra, decorata con stucchi barocchi, trovi il Crocifisso ligneo davanti al quale, secondo la devozione popolare, frate Pacifico ebbe la visione del paradiso, durante uno dei suoi viaggi con san Francesco verso la valle reatina. L'episodio è stato rappresentato da Giotto nella Basilica Superiore di San Francesco in Assisi.
Il Crocifisso che oggi vedi si data in realtà al XIV secolo, ed è quindi posteriore alla morte del santo, ma molte sono le fonti che documentano le soste in questa chiesa, particolarmente amata da Francesco per la sua posizione isolata adatta ad una più fervida preghiera.
Una curiosità sul luogo: il nome Bovara deriva dalla tradizione pagana legata alla purificazione dei buoi nelle acque del Clitunno, prima di sacrificarli alle divinità.
Nei pressi dell'abbazia l'Olivo di Sant'Emiliano,  il più vecchio dell'Umbria alto 9 metri , con 1700 anni di vita e al tronco del quale, secondo la tradizione nel 304, il santo venne legato ed ucciso.