Dopo aver abitato a San Pietro per oltre due secoli, intorno al 1252, i Benedettini abbandonarono il monastero, al loro posto sopraggiunsero i Cistercensi i quali completarono la costruzione dell’abbazia e della chiesa, che fu consacrata nel 1254 da Innocenzo IV; nella stessa occasione, il pontefice consacrò la cattedrale di San Rufino e la basilica di San Francesco. Nel 1316, in seguita all’ampliamento delle mura di Assisi, l’abbazia di San Pietro fu per la prima volta incorporata e inclusa all’interno della città.
Dopo essere stato utilizzato per alcuni anni come ospedale civile, l'edificio subì un importante restauro nel 1954 e costituisce sempre un punto di riferimento per la vita monastica e spirituale di Assisi.
Architettura dell’edificio
La chiesa mostra un impianto tipico dell'edificio romanico-umbro del XIII secolo, con i segni caratteristici dell'Ordine benedettino, peculiarità che conferisce all’edificio il suo maggiore tratto identitario nel panorama degli altri luoghi di culto di Assisi. Si tratta infatti di uno degli ultimi esempi di architettura monastica nella città dopo che, a seguito di un editto emanato nel secolo XIII, fu concesso di costruire nuovi edifici solo all’Ordine francescano.
Tipicamente romanica e realizzata nella caratteristica pietra rosa del Monte Subasio, la facciata è rettangolare e divisa in due ordini: orizzontalmente, da una cornice di archetti pensili; verticalmente, tripartita da lesene. In tal modo, è possibile individuare tre aree superiori e tre inferiori rispettivamente occupate da rosoni che si sviluppano in corrispondenza dei portali d’ingresso. Il portale centrale, alla base, è affiancato da due leoni ruggenti: sia gli stipiti che l’archivolto sono decorati da una fascia a racemi; un secondo archivolto presenta teste di animali.
All’origine, la facciata culminava in un timpano che fu abbattuto dopo il terremoto del 1832.
Oggi la chiesa, nella sua parte antistante, culmina pertanto con una cornice marcapiano dove corre una lunga iscrizione.
L’interno della chiesa è in pietra, diviso in tre navate da robusti pilastri con il presbiterio rialzato, abside semicircolare e cupola, che deve la sua forma ad una struttura, oggi in vista, costituita da una serie di scalini concentrici, originariamente decorati con terrecotte smaltate.
La parte centrale dell’edificio è aperta da arcani ogivali sui quali poggia una copertura a travature lignee, le parti laterali con volte a botte in muratura. Vi si trovano sei tombe del XIV-XV secolo e resti di affreschi dello stesso periodo. Interessante è la cappella del Santissimo Sacramento, in stile gotico, con un prezioso trittico di Matteo da Gualdo.