È da molto tempo che quel piccolo passaggio intorno all'altare, volto alla cura del mal di ossa, non viene più praticato. La singolare posizione di questo altare, detto dei Santi Lazzaro e Giovanni e posto davanti all'abside del braccio sinistro del transetto, forma una sorta di angusto ambulacro che devi percorrere accucciato con gli occhi rivolti ai frammenti sacri. Infatti, sul lato destro dell'altare è stata praticata una piccola apertura, protetta da una grata di ferro, la fenestrella confessionis, attraverso la quale puoi vedere le reliquie dei santi monaci.

La storia di San Pietro in Valle è raccolta nei manoscritti conservati nell'Archivio del Duomo di Spoleto. La leggenda vuole che Lazzaro e Giovanni nell'anno 516 arrivarono in Italia dalla Siria erigendo un eremo identificato con la Romitoria sul Monte Solenne, sopra Macenano.
Fu Faroaldo II, duca longobardo di Spoleto, a edificare sulla tomba dei Santi Lazzaro e Giovanni l'abbazia dedicata a San Pietro in cui si ritirò nel 720 quando fu spodestato dal figlio e dove morì da monaco nel 728. Le sepolture dei vari Duchi di Spoleto, ritrovate nel 996 nei lavori di restauro iniziati da Ottone III di Sassonia, furono sistemate nell'abside della chiesa reimpiegando i sarcofagi romani ritrovati nella zona.
L'abbazia divenne un mausoleo ducale che estese la sua influenza religiosa ed economica in un vasto territorio, con il privilegio di non dipendere dal potere vescovile.

L'abbazia oggi

Attualmente il monastero è di proprietà privata e destinato alla ricettività come residenza d'epoca. 
La chiesa si presenta con una facciata rinascimentale rivolta verso l'antico accesso da Spoleto mentre il possente campanile a quattro ordini è databile alla fine del secolo XI. L'interno, a navata unica coperta con capriate, è decorato da un ciclo di affreschi con Scene del Vecchio e Nuovo Testamento, uno dei capisaldi della pittura umbra del XII secolo. Il transetto termina con tre absidi semicircolari, secondo i modelli dell'architettura ottoniana