In seguito al terremoto del 1859 la facciata venne sottoposta ad un intervento di restauro nella parte superiore.
L'ultimo restauro effettuato negli anni '50 del secolo scorso, ha riportato alla luce l'arco trionfale del XIV secolo.
Nel 1570 alla parete laterale della chiesa, a destra della facciata, è stato affiancato un portico che originariamente veniva utilizzato come spazio coperto per il mercato dei cereali.
La facciata realizzata in pietra chiara, è sagomata a capanna e riquadrata da due lesene che terminano con pinnacoli. Risulta divisa in due parti da una cornice in origine decorata con intarsi policromi. Nella parte inferiore è situato l'imponente portale, abbellito nella lunetta da un gruppo scultoreo raffigurante Madonna con il Bambino e due angeli adoranti. Ai lati della lunetta sono posizionate due edicole contenenti le statue di San Benedetto e Santa Scolastica.
Al centro della zona superiore si apre un elegante rosone attorniato dai simboli dei quattro Evangelisti.
L'interno, a croce latina con un'unica navata e abside poligonale, fu completamente ristrutturato nel XVIII secolo. Nel braccio sinistro del transetto è collocata una grande tela di Filippo Napoletano (1621), con San Benedetto e Totila. Sull'altare del braccio destro, Madonna e santi nursini, del pittore romano Vincenzo Manetti (metà del XVII secolo). Nell'abside, un grande coro ligneo cinquecentesco proveniente dalla chiesa dell'Annunziata.
La cripta, posta sotto la metà della navata, è divisa in tre navate da pilastri coronati da rozzi capitelli. La navata centrale è coperta con volta a sesto ribassato e le laterali, di larghezza inferiore, con volte a crociera. La navata sinistra termina con un'absidiola appartenente ad un edificio pubblico romano del I secolo d.C., poi trasformato nel primitivo oratorio di san Benedetto. Alcuni tratti della struttura muraria della cripta sono in "opus reticolatum" ed altri presentano tracce di affreschi trecenteschi (abside di sinistra); dove la tradizione indica il luogo natale dei santi Benedetto e Scolastica. Una piccola porta immette nell'attigua area archeologica comprendente i resti di due altre aule dell'edificio romano.

La basilica di San Benedetto, nel centro storico di Norcia, è facilmente raggiungibile a piedi lasciando il proprio mezzo di trasporto nei parcheggi che circondano le mura.