Nel 1260 la chiesa è quasi ultimata e accoglie il corpo di Chiara sotto l'altare maggiore.
L'architettura s'ispira alla Basilica superiore di San Francesco, pur inserendo elementi di originalità. La facciata è disegnata a fasce di pietra bianca e rosa del Subasio; due cornici la dividono in tre zone: la prima per il portale, la seconda per il rosone e a chiudere il timpano. In asse con il portale, con cornice esterna sorretta da due leoni che ghermiscono due arieti, si trova l'elegante rosone a due giri di colonnine e archetti. Gli archi rampanti laterali sono un'aggiunta di fine '300.
L'interno è a navata unica con transetto ed abside poligonale. Quasi privo di affreschi, venne scialbato nel XVIII secolo. Rimangono solamente pochi brani con storie della vita della santa sopra l'altare attribuiti al giottesco Maestro Espressionista di Santa Chiara (XIV secolo), cui è stato riferito anche il Crocifisso su tavola nell'abside.

Di grande interesse, nel transetto sinistro, la tavola con Santa Chiara e otto storie della sua vita, interessante opera attribuita al Maestro di Santa Chiara (1238).
Sul lato destro della navata si apre la cappella di San Giorgio dove è custodito il Crocifisso (XII secolo), proveniente da san Damiano, che parlò a san Francesco.

Nella cripta, realizzata tra il 1850 ed il 1872 e risistemata nel 1935 in forme neogotiche, trovi le spoglie mortali di Santa Chiara.