Al di sopra del tetto a padiglione, si alza l’elegante torre-altana, anch’essa caratterizzata dall’incrocio di lesene e cornici marcapiano.
All’interno, il locale più importante è costituito dal salone di rappresentanza affacciato sulla loggia (che i restauri hanno tentato di risollevare dallo stato di rovina in cui si trovava).
Al piano terra si trova invece il salone d’ ingresso e la galleria carraia con volta a botte, che consentiva l’accesso al coperto delle carrozze e collegava tra di loro la casa colonica e la cappella.
Le aree verdi sono incluse all’interno di un grande pentagono, interamente murato, al quale si accede tramite un viale rettilineo ed alberato spostato verso destra rispetto all’ingresso della villa.
I giardini erano probabilmente organizzati sul piano inclinato della collina senza soluzione di continuità. Successivamente furono eseguiti tre terrazzamenti, oggi completamente riorganizzati, due dei quali nella zona antistante la facciata.
Questa importante villa nobiliare venne fatta costruire da Carlo Graziani, esponente della nota famiglia di Città di Castello, nei primi anni del sec. XVII.
Il progetto fu affidato agli architetti  Antonio Cantagallina di San Sepolcro, allievo del Vasari e Bruni di Roma, che edificarono la Villa su un edificio preesistente del quale rimaneva in piedi solamente il torrione centrale.
I lavori di costruzione della casa padronale terminarono nel 1616 e già nel 1622 sorgeva sul fianco destro dell’edificio la cappella di famiglia dedicata alla Madonna Lauretana. Probabilmente il complesso subì dei danni durante il terremoto del 1789, ma il momento più alto di degrado lo conobbe a partire dalla seconda guerra mondiale, durante la quale fu occupato dalle truppe tedesche e saccheggiato. I lavori di recupero iniziarono negli anni '80 del XX, anno in cui il complesso venne acquistato dal comune di San Giustino e si può dire che non siano ancora conclusi.
Attualmente casa colonica della villa è  utilizzata dalla  Soprintendenza Archeologica dell’Umbria e dall’Università di Perugia come base operativa per le campagne di scavo condotte nella vicina villa romana di “Colle Plinio”, mentre il palazzo ospita l’esposizione ed il magazzino dei reperti provenienti dagli scavi lì effettuati.