Sempre durante questo secolo, divenne sede di una guarnigione militare pontificia e ne fu ampliato l'apparato difensivo.
La sovvenzione perugina fu abolita nel 1798, quando la Fratta divenne uno dei tredici Cantoni del Dipartimento del Trasimeno. Con il ritorno del papa Pio VII alla guida dello Stato Pontificio nel 1814, la rocca fu destinata a pubbliche carceri, utilizzazione che durò fino al 1923. Da questo momento fino al 1974, il complesso venne destinato ad uso abitativo, dovendo subire alcune trasformazioni interne e la copertura dei due torrioni circolari.

La rocca è composta da un imponente mastio, di m 7,60 di lato e di m 31,60 di altezza, e da tre torrioni merlati più bassi di cui due circolari ed un terzo a pianta quadrata. Le mura, un tempo dotate di porte con ponti levatoi, mostrano l'imponente spessore che alla base misura m 2,20, donando all'intero complesso un aspetto di fortezza invalicabile. È possibile accedere all'interno attraverso la sola porta nella piazza Fortebracci; l'altra, attualmente demolita, era in direzione della Reggia, detta " del soccorso".

Nel 1984 l'Amministrazione comunale si è interessata di risanare la struttura con un lungo e sapiente restauro votato al recupero della sua identità storica e al consolidamento statico, che si è concluso nel maggio del 1986. 
Durante i lavori di ristrutturazione sono stati rinvenuti alcuni elementi che hanno permesso di ricostruire l'identità di parti del complesso altrimenti smarrite; un'antica scala in muratura, ritrovata nella prima sala della rocca, al primo piano, ed una botola portata alla luce al piano terra, sotto un metro e mezzo di terriccio, utilizzata per l'accesso ai sotterranei, hanno consentito di ricucire il collegamento verticale interno alla torre: dalla segreta alle merlature.
Sono state apportate inoltre, alcune modifiche per migliorare l'utilizzo degli ambienti interni, eliminando alcuni muri divisori delle celle della torre e la copertura a padiglione della stessa, è stata sostituita da un pavimento praticabile. Infine è stata creata un'entrata alla base del torrione sinistro, per consentire il collegamento tra piazza del Mercato e piazza Fortebracci.
Attualmente l'amministrazione comunale ha destinato alcune sale della rocca alla sede del  Centro per l'arte contemporanea.

Bibliografia
Amoni D. (1999), Castelli Fortezze e Rocche dell'Umbria, Ponte S. Giovanni, Perugia, Quattroemme.