Il museo si trova all'interno della Rocca Albornoziana, nella parte alta del centro storico di Spoleto. 

Il museo nasce per documentare la storia del Ducato, nato grazie ai Longobardi, popolazione germanica che ruppe l'unità politica della penisola italiana nel VI secolo d.C.

La Rocca che ospita il museo fu edificata per volere del Cardinale spagnolo Egidio Albornoz a partire dal 1360. 

Il museo propone un interessante documento di conoscenza del territorio spoletino dal IV al XV secolo e contemporaneamente la bellezza degli ambienti affrescati in cui le opere sono esposte.

Inaugurato nel 2007, il museo nasce grazie ad un progetto di raccolta di opere d'arte e materiali, già in gran parte conservate presso i locali del museo civico e pinacoteca, utili a documentare l'origine, lo sviluppo e le molteplici ricadute storiche e culturali del longobardo Ducato di Spoleto.
Articolato in due spazi attorno al cortile d'Onore, uno al pianterreno e l'altro al primo piano, si suddivide in quindici sale.
Nel complesso la raccolta delle opere copre un arco di tempo che va dal IV secolo d.C., con testimonianze delle prime comunità cristiane, fino al XV secolo.
Pensato quale strumento adeguato alla conoscenza della città e del territorio, il museo intende far percepire al visitatore la complessità delle vicende storiche che lo interessarono e contemporaneamente la sua vivacità culturale anche dopo la caduta del Ducato.