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Bereits in der zweiten Hälfte des 13. Jahrhunderts renoviert, wurde sie 1367 im östlichen Teil erweitert und erhielt so ihren heutigen rechteckigen Grundriss.

Im Jahr 1471 wurde eine erste Loggia über der Kirche und wahrscheinlich auch über dem runden Turm links vom heutigen Eingang errichtet. Im 16. Jahrhundert wurden weitere offene Galerien gebaut, die noch heute an drei Seiten des Innenhofs zu sehen sind und Teile der Galerien aus dem 15. Wahrscheinlich wurden anlässlich dieser neuen Arbeiten oder kurz davor die beiden Fresken, die die Geburt Christi und eine Komposition mit der Jungfrau, Johannes dem Täufer und Jakobus darstellen, im Inneren der Kirche gemalt. Weitere, wenn auch geringfügige, Arbeiten fanden 1644 statt, als der Sandsteinpavillon auf einer bereits bestehenden Zisterne errichtet wurde.

Außerdem wurde hier 1502 die von einigen Adligen gegen Cesare Borgia angezettelte Verschwörung (Diät im Magione in Perugino) abgehalten, von der Macchiavelli in „Der Prinz“ spricht. 

Der Name Badia (Abtei), mit dem die Einwohner von Magione dieses Bauwerk bezeichnen, hat sich in der Neuzeit eingebürgert, als der Begriff Magione nicht mehr die Stadt selbst bezeichnete, was noch im 16. Außerdem wird bereits Ende des 15. Jahrhunderts die Abtei Mansionis Plani Carpinis urkundlich erwähnt.

Heute ist das Gebäude das Betriebszentrum eines großen landwirtschaftlichen Betriebs, dessen Produkte sich durch hohe Qualität auszeichnen. Die verschiedenen Weinsorten scheinen ihren Geschmack in den alten Mauern des Schlosses zu verstärken und werden von denjenigen, die sie trinken, allgemein geschätzt. Die Qualität des Weins ist so gut, dass er die Behauptung des Humanisten Giannantonio Campano bestätigt, der Mitte des 15. Jahrhunderts feststellte, dass es nur wenige Gegenden gibt, in denen bessere Weine erzeugt werden als am Trasimeno-See.