Nachdem die Schüler des Meisters diesen Teil der Arbeit nach der Vorlage seiner Zeichnungen vollendet hatten, ging es an den Wänden weiter, wo die Kardinaltugenden, berühmte Figuren der griechischen und römischen Geschichte (Klugheit und Gerechtigkeit über sechs Weisen der Antike) und die freien Künste zu sehen sind.

An der Rückwand sind die Szenen der Verklärung und der Geburt Christi dargestellt.

An der rechten Längswand schließlich befinden sich oben die sechs Propheten und die sechs Sibyllen mit dem segnenden Heiligen Vater.

Die Themen wurden offenbar vom Humanisten Francesco Maturanzio vorgegeben, der als Professor in Vicenza und Venedig tätig war und nach seiner Rückkehr in die Heimat um 1498 Sekretär der Decemviri wurde.

Großteil dieser Fresken wurde von Perugino selbst ausgeführt, der sich allerdings auf einige Assistenten stützte, die er streng kontrollierte. Der Künstler hat sich selbst auch in einem kleinen Bild verewigt, das an der trennenden Scheinsäule an der linken Wand hängt.

Neben der Sala dell'Udienza befindet sich die Kapelle des Johannes des Täufers mit Fresken von Giannicola di Paolo, die zwischen 1513 und 1529 geschaffen wurden. Die Fresken im Gewölbe haben einen starken Einfluss von Perugino, während die Fresken an den Wänden an Werke von Zeitgenossen wie Raffael, Sodoma und Andrea del Sarto erinnern