All'inizio del Seicento dopo il crollo delle navate (1614-1615) la chiesa venne interamente rifatta su disegno di Carlo Maderno (1629-1632).
L'imponente facciata, che si apre in cima ad una scalinata a doppia rampa, è ornata da portale di epoca cinquecentesca mentre il fianco e l'abside conservano i contrafforti e le finestre ogivali di epoca Trecentesca.
L'interno, con pianta a croce latina, è caratterizzato da nudità d'insieme. Contrasta con l'austerità delle navate il gotico fiorito della notevolissima
vetrata absidale, datata 1411 e firmata dal perugino Bartolomeo di Pietro e dal fiorentino Mariotto di Nardo. Il finestrone, alto 23 metri, è il più grande dell'epoca dopo quello del duomo di Milano. L'abside conserva nella struttura e negli affreschi delle pareti e delle volte una efficace testimonianza della primitiva ricchezza architettonica e decorativa della basilica. Quanto resta nella navata e nelle cappelle infatti non è che una piccola parte del ricchissimo patrimonio qui un tempo conservato. La dispersione dei beni, che ebbe il suo culmine con le demaniazioni napoleoniche, iniziò ai primi del Seicento quando in seguito al crollo delle navate e alla demolizione delle cappelle, diversi polittici furono smembrati e tolti dalla chiesa.
Tra le opere ancora conservate nella chiesa, nelle cappelle molti dei dipinti sono riferibili ad artisti umbri del XVIII secolo; sul muro di controfacciata è un grande affresco di Anton Maria Fabrizi raffigurante la
Madonna con il Bambino tra Santi (1644). Particolarmente interessanti nella cappella di San Lorenzo il
dossale in pietra e terracotta verniciata di bianco di Agostino di Duccio (1459) e nella cappella intitolata a Benedetto XI il
monumento funebre del Papa Benedetto XI morto a Perugia nel 1304, recentemente indicato come opera di Lorenzo Maitani ispirato nelle linee strutturali al monumento funebre del cardinale Guglielmo De Braye, opera di Arnolfo di Cambio, conservata in San Domenico ad Orvieto. Degne di nota anche la cappella di San Tommaso decorata con vari affreschi votivi tra cui l'
Uccisione di San Pietro Martire attribuita a Cola Petruccioli (fine XIV secolo), la cappella della Resurrezione o del Rosario che conserva una
Madonna con Bambino tra i Santi Domenico e Caterina attribuita a Giovanni Lanfranco e la cappella della Beata Colomba da Rieti il cui altare conserva una copia del XIX secolo da un dipinto dello Spagna oggi in Galleria Nazionale dell'Umbria.
Il campanile, opera di Gasparino Antonimi della fine del Quattrocento, era sormontato da un'altissima cuspide piramidale che sorreggeva una palla ed una croce. L'altezza complessiva doveva raggiungere i 126 metri di altezza. Nel Cinquecento forse per ragioni statiche fu mozzato al disopra dei due finestroni gotici.
Il complesso conventuale domenicano, con ingresso a sinistra della chiesa, è dal 1948 sede del museo Archeologico Nazionale.
Curiosità
Tra le opere più celebri erano conservati nell'edificio: la Madonna con il Bambino di Duccio di Buoninsegna; la Madonnacon il Bambino di Gentile da Fabriano; il Polittico Guidalotti di Beato Angelico; il Polittico dei Domenicani e l'Adorazione del Magi di Benedetto Bonfigli e la Pala di Ognissanti di Giannicola di Paolo.
Informazioni e consigli utili
La chiesa si trova nella parte meridionale della città ed è facilmente raggiungibile a piedi lasciando i propri mezzi di trasporto nei parcheggi circostanti il centro storico.