Nel 1212, su richiesta di San Francesco d'Assisi, accolse per alcune settimane Santa Chiara d'Assisi, per difenderla dai suoi familiari che più volte, anche in modo violento, tentarono di riportarla a casa.
La chiesa romanica presenta una facciata a capanna, con un unico portale d'ingresso, sormontato da una monofora e prospetta un campanile a vela con una sola campana. L'abside semicircolare, esternamente decorato da semicolonne, mensole e archetti, reca al centro una bifora sormontata da un rilievo con due colombe. La chiesa si presenta ad un'unica navata con tetto a travature lignee a vista. Nell'abside vi sono frammenti di affreschi di scuola perugina che raffigurano una Madonna con Gesù Bambino e San Paolo e san Benedetto.
Sulle pareti resta traccia di porte murate, forse un tempo mettevano in comunicazione la chiesa con il monastero, distrutto nel 1389.
In un angolo dell'abside si trova la colonna a cui Chiara si aggrappò per non essere portata via dai suoi familiari.