Il nuovo centro fu chiamato Schiza dagli abitanti del luogo che ancora risentivano nel loro parlato dell'influsso della lingua greca.

Nei secoli successivi Scheggia entrò a far parte del territorio di Gubbio, passando poi sotto il Ducato di Urbino e infine sotto lo Stato della Chiesa, che dal XV secolo mantenne la propria giurisdizione sul territorio fino all'Unità d'Italia. Dal 1878 si è unita a Pascelupo formando un unico Comune.
Scheggia fu centro dell'antichissimo culto a Giove Pennino, venerato in un famoso tempio nelle immediate vicinanze dell'abitato, di cui però non rimane alcuna testimonianza, nonostante i numerosi ed importanti ritrovamenti archeologici fatti nel territorio.
Il grazioso centro, all'interno del Parco del Monte Cucco, è ricco di storia: dalla Torre Civica, del XIV secolo, l'unica delle porte dell'antico castello che si è conservata fino ad oggi, alla chiesa di Sant'Antonio Abate (1665); dalla parrocchiale dei Santi Filippo e Giacomo (XVI secolo), che conserva al suo interno pregevoli opere, alla chiesa di Monte Calvario (XVII secolo) che domina l'intero abitato