Sulla facciata si apre un portale rinascimentale (1495-1498), opera del veneziano Giovanni di Giampietro.

All'interno, a croce latina e navata unica, numerose cappelle, due delle quali decorate da due tra i più importanti pittori umbri del Rinascimento, Pietro Vannucci detto il Perugino e lo Spagna. Al primo spetta la decorazione della seconda cappella sulla parete destra della navata, realizzata nel 1521 e raffigurante, nei modi tipici del pittore, un' Adorazione dei magi e, ai lati, i Santi Pietro e Paolo.  La composizione rielabora l’Adorazione dei Magi nell’Oratorio dei Bianchi di Città della Pieve, eseguito nel 1504.

Nella chiave dell’arco è inserito lo stemma della nobile famiglia trevana dei Valenti. La scena si svolge sulla soglia di una semplice capanna in legno dove è seduta la Vergine, con Gesù Bambino in braccio, alla cui sinistra è san Giuseppe. Ai lati del trono sono inginocchiati due Magi in atto di offrire le ampolle, mentre il terzo è in piedi, alla destra del sacro gruppo. Sullo sfondo, una pianura idealizzata, circondata da monti, sulla quale si snoda il corteo dei Magi, tra bucolici gruppi di pastori e di greggi. Nella pedana del trono si legge la firma dell’artista, espressa in caratteri capitali: PETRUS. DE. CASTRO. PLEBIS. PINXIT. In scrittura capitale è riportato anche un distico inneggiante alla Vergine, dipinto sul lembo di prato sottostante: TU SOLA IN TERRIS GENITRIX ET VIRGO FUISTI/ REGINA IN CELIS. TU QUOQUE SOLA MANES. Negli sguanci della cappella, entro due nicchie dipinte, sono rispettivamente i santi Paolo e Pietro, identificati dall’iscrizione sottostante, memori del Catone del Cambio. Sicuramente queste figure furono volute dagli uomini di Bovara, che avevano acquistato la cappella, essendo la chiesa di Bovara intitolata a S. Pietro.

A Giovanni di Pietro, detto Lo Spagna, si deve invece  il Trasporto di Cristo dipinto tra il 1518 e il 1520 nella cappella di San Francesco. La scena, desunta dalla celeberrima tavola realizzata da Raffaello nel 1507 per la cappella Baglioni di San Francesco al Prato a Perugia, è sovrastata da una lunetta con Sant'Agostino con devoti e angeli e circondata dalle figure dei Santi Ubaldo e Giuseppe. 

Purtroppo lo stato di conservazione dell'affresco non è ottimale avendo sofferto i danni dell'umidità.  La scena raffigura Giuseppe d'Arimatea, vestito di tunica di colore celeste, con manto giallo, che sorregge il Santo Corpo passandogli le mani sotto le ascelle. In primo piano, a destra, è Nicodemo, con tunica cilestrina e manto giallo. La figura si presenta di schiena e il viso di profilo. San Giovanni, di fronte, con tunica verde dai risvolti cangianti, sostiene, insieme a Nicodemo, le ginocchia ed i piedi di Gesù.

Nel mezzo, in secondo piano, e, in atteggiamento doloroso e piangente, la Maddalena, in veste rossa, che tiene sollevato il braccio del Redentore con la mano sinistra, mentre la destra è aperta e protesa in alto, come in atteggiamento d'invocazione dolorosa. Tra altre due pie donne, Maria Cleofe e Maria Salome, appare  la Vergine Madre con le mani giunte e il volto lagrimoso.

L'ultima figura da questa parte e quella di S. Francesco, vestito della sua tonaca di colore quasi bianco. Il Santo Poverello incrocia le braccia sul petto, ed inclina il capo, in atteggiamento di adorazione dolente.

Alternati alle cappelle si ergono i raffinati monumenti sepolcrali, scolpiti sulla pietra caciolfa, appartenenti ai membri della famiglia Valenti. All'iniziativa della famiglia si deve anche l'edificazione dell'altare della Madonna delle Lacrime.

La chiesa, aperta tutti i giorni, è gestita dalle Suore della Sacra Famiglia di Trevi.